某個(gè)黑夜，一名間諜潛入日本警察機(jī)關(guān)企圖盜取一份機(jī)密文件，這份文件內(nèi)容中含有英國“MI6”、德國“BDN”、美國“CIA”，甚至還有“FBI”等各國諜報(bào)機(jī)構(gòu)的相關(guān)人員名單千鈞一發(fā)之際，安室透率領(lǐng)的日本公安趕到，間諜奪車逃跑，高速公路大橋上上演激烈追逐戰(zhàn)，其他的車輛也被卷入其中，眼看要釀成慘重事故的瞬間，間諜的車被FBI赤井秀一用來復(fù)槍射中，從大橋墜入海中。第二天，柯南等人來到東都水族館游玩，他們?cè)诰薮竽μ燧喌紫?，發(fā)現(xiàn)了一位獨(dú)自一人又負(fù)傷的漂亮女子，仔細(xì)一看她的兩只眼睛的瞳孔顏色不一樣，也就是俗稱的“陰陽眼”。可是，這位女子已經(jīng)是連自己名字都不記得的失憶狀態(tài)，帶的手機(jī)也已經(jīng)損壞。為了幫助她找回記憶，柯南等人約好了和她同行。沒想到，這一切都被貝爾摩德暗中監(jiān)視著……